福建医科大学附属第二医院、第二临床医学院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合性医院之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院。2000年成为福建医科大学第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位，2012年成为福建医学会变态反应学分会主任委员单位。
医院病床编制2000张，设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，目前开放病床1172张;在建的东海院区占地142.6亩，规划床位1000张，2015年初一期门急诊医技楼、专科病房楼正式投入使用，开放床位300张，核心病房楼建设也已启动。此外还设非行政隶属分院石狮市医院和晋江市医院。目前医院在编人员1530人，合同制人员606人，高级职务人员309人，其中正教授24人、副教授101人，卫生部突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家6人、全省百千万人才6人、全省卫生系统跨世纪学术和技术学科带头人19人、福建医科大学学科带头人10人，兼任国家、省、市专业学会主任委员10人，各专业学会副主任委员（副会长）44人、常务委员（常务理事）83人、委员（理事）181人，博硕士364人。
医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平。目前支气管封堵术、眼视光学与低视力康复、心血管疾病的胎儿起源研究等专项技术达国际先进水平，介入呼吸病学、眼视光学与低视力康复、产前超声与介入性超声、皮肤医学美容、骨质疏松性骨折预防与治疗、骨科生物力学达到国内先进水平，风湿病与自体免疫病学是福建医科大学重点培育学科。医院是国际联合低视力康复教育中心、国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站、卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、骨质疏松性骨折二级预防项目协作单位、全国综合医院中医药工作示范单位、卫生部和中国残联认定的低视力康复工程试点单位、国家级皮肤医疗美容示范基地、全国临床药师培训基地、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心，是福建医学会变态反应学分会、福建超声医学工程学会、福建省视障康复技术指导中心、福建省低视力康复指导组、福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心挂靠单位，是福建省危重症孕产妇转诊救治网络医院，泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心。2014年，在国家级呼吸内镜培训基地书面评审中，位居全国第位。
医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、双源CT、直线加速器（LA）、单光子发射计算机断层扫描仪（SP-ECT）、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。优秀的人才、精良的设备和完备的医学专科为广大民众提供了全方位的医疗、保健服务。
医院作为福建医科大学第二临床医学院及省级医学继续教育基地之一，设有22个医学教研室，现教授24人，副教授106人，博士研究生导师4人，硕士研究生导师51人，1998年开始招收全国统招硕士研究生，2003年开始招收全国统招博士研究生，2016年获批国家人力资源与社会保障部博士后科研工作站并开始招生。依托自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室等9个研究室和科研实验室，倡导“创新、求实、严谨、规范”实验室室训，大力开展医学科学研究。
医院高度重视与国内外的学术交流，与美国纽约大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学、荷兰自由大学等机构及学者建立了合作关系。近年医院应邀出席国际会议并作专题发言32人次，31位国际学者来院开展学术交流，派出15位中青年骨干到美国、德国等国家研修。
1981年，经省政府批准，医院在本省率先建立华侨门诊、华侨病区。十多年来接受大量来自美国、日本、新加坡、菲律宾、印度尼西亚、香港、台湾及其他东南亚地区的病人。爱国侨胞热心桑梓、慷慨解囊为医院的建设作出了积极的贡献。福建医科大学附属第二医院历任领导及全体同仁都非常珍视广大侨胞及社会各界对该医院的关爱及支持。
医院先后被评为全国医院文化建设先进单位、福建省平安医院、福建省文明单位等荣誉。
