医院始建于1948年，1994年通过卫生部的评审,成为汕头市首批“爱婴医院”。1998年成为粤东地区首家二级甲等妇幼保健院。2000年医院加挂“汕头市妇女儿童医院”牌子。作为汕头市妇幼公共卫生项目管理和技术指导单位，负责全市宫颈癌与乳腺癌防治、出生缺陷防控、新生儿疾病筛查、孕产妇健康管理、儿童健康管理、乙肝艾滋梅毒母婴阻断、婴幼儿照护托育服务综合指导等项目管理，并负责监测上报全市妇幼健康指标。汕头市妇幼保健院是一所集医疗、保健、预防、科研、教学及健康教育为一体的母婴保健专科机构。
医院于2023年12月28日搬迁至新院区。新院区位于龙江路6号，占地70亩，编制床位共900张，按三级医院标准建设，设有住院楼2栋各15层、门诊楼、医技楼、办公行政楼各1栋，现开设儿科、新生儿科、产科、妇科、产前诊断、儿童保健、康复科、外科、中医科、五官科、口腔科、影像科等20多个临床、保健和医技科室。业务用房布局突出为妇女儿童服务的特色，专业配套齐全，实现场地、设施设备、可提供服务项目与技术能力等多方面的全面升级，新区配备核磁共振、螺旋CT、数字减影血管造影X射线机系统（DSA)、高通量基因测序设备、超高清内窥镜摄像系统、三维断层数字化乳腺机、高端四维彩色多普勒超声诊断仪、高端美容仪器、中医及康复理疗仪器等设备设施，能更好地满足孕产妇、儿童及其他病患者看病就诊、保健康复等多领域需求。
医院早在1997年就建成粤东首家万级层流、恒温恒湿新生儿重症监护病区。2003年在省内首批、粤东首家开展分娩镇痛技术，并率先开创“一对一责任助产”全程陪伴、“产儿医生产时双护航”的安全分娩新模式。2022年11月医院通过广东省专家组评审并获得产前诊断机构在遗传咨询、医学影像、生化免疫、细胞遗传、分子遗传全板块执业资质，成为粤东首家一次性获得产前诊断全技术板块服务资质的妇幼保健专科医院。与华大基因联合建立出生缺陷精准防控实验室，开展代谢性疾病、唐氏综合征、地贫、耳聋、SMA等基因遗传性疾病基因诊断，服务范围覆盖潮、汕、揭三市，并逐渐延伸至粤东其他地区。
医院发展坚持党建引领。党建工作与医院中心工作密切结合，自觉践行“以人民为中心”的宗旨，实现党建与业务“同频共振”，坚持党建与业务同谋划、同部署、同推进。近年来结合现代医院管理理念，我院紧握医院绩效考核和医院等级评审两个抓手，在不断强化妇幼保健职能的基础上，大力开展专科、学科建设、医院综合化建设。现妇科业务开展包括妇科肿瘤、宫颈疾病、妇科内分泌、不孕不育、复发性流产、妇科炎性疾病、各类微创治疗技术等；产科开展妊娠期糖尿病、妊娠期高血压疾病、早产防治、VTE防治等规范化管理，提供导乐分娩、孕期及产后营养与心理健康管理等特色服务；儿科业务涵盖消化与呼吸道疾病、神经性疾病、生长发育、免疫性疾病、营养与心理等；近年来儿童保健科在感统失调、自闭症、多动症、语言与学习障碍等诊治与康复管理上口碑颇丰；乳房外科与小儿外科开展乳腺肿块旋切、乳腺癌根治、小儿疝气微创治疗等；理疗科在盆底机能不全领域开展“多部门联合评估、医院与家庭相结合、中西医并驱”的综合康复治疗模式，广受欢迎；中医药服务深入全院各科中广泛开展，参与妇女儿童全生命周期管理，在治未病、保胎安胎、内分泌疾病、围手术期及术后管理、小儿呼吸及消化道疾病等领域富有特色。
未来，我院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以全面提升党建工作质量、党建引领业务为重点，以“提升服务质量，注重专科建设”为总体思路，以群众满意为动力，着力建设学科高地、人才高地、妇幼专科特色品牌，全面推进医院高质量发展，打造现代化妇儿医疗保健服务体系，建成智慧与人文相结合的现代化三级专科医院。