衢州市疾病预防控制中心是承担全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检验检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究等七项职能，全市疾病预防控制和卫生检测检验业务技术的指导中心。目前中心内设办公室、党群科、综合保障科3个职能科室，传防科、免规科、慢病科艾结科、卫生监测与评价科、营养科、健教科、理化科、微检科、医卫科、环卫科、职卫科、法制稽查科、审查服务科等14个业务科室。
目前，中心现有核准编制数105人(含参公编制32个)，实际在编在岗人数102人(含参公工作人员30人)，其中硕士研究生33人，本科62人，中高级职称53人:正高10人，副高16人，四级主任科员及以上人员22人。有浙江省劳动模范1名，浙江省创新人才3名，医坛新秀培养对象5名，市级医学专家5名，市拔尖人才1人，青年拔尖人才1人，市115人才工程第二层次人才4名、第三层次人才6名，市卫健系统258人才工程凤凰医学学者1名、雄鹰医学英才3名、雏鹰医学新锐2名
中心实验室拥装备高效液相色谱-三重四级杆质谱联用仪、全自动核酸提取仪、荧光定量PCR仪、气质色谱仪、气相色谱仪、液相色谱仪、全自动微生物分析系统(质谱仪)、气相色谱-串联质谱仪、三维成像解剖镜、全基因组测序系统、多病原检测系统等精密仪器设备。
2024年6月经省市场监督管理局异地搬迁后资质认定评审，通过评审的检测项目931项，涉及食品、食品添加剂及包装材料、农药残留、兽药残留、化妆品检测；生活饮用水、公共场所环境检测、学校卫生教室环境检测；工作场所有毒物质检测；职业卫生健康体检；卫生用品、医院消毒效果监测；病原微生物和寄生虫检测等，重点开展重金属、多组份农药残留和兽药残留、生产场所环境、 细菌病毒二代三代测序等。
2023年，中心课题项目立项14项(其中省医药卫生科技项目2项，市科技局竞争性科技攻关项目4项、指导性项目5项，省疾控中心重点实验室开放课题2项，省基层卫生协会软课题1项)，有5项课题通过验收。2023年共发表论文16篇(其中SCI7篇，一级刊物7篇，二级刊物2篇)，引进应用三新项目11项，举办各类继续教育项目11项(其中1项、省级1项、市级9项)。
近年来，中心重视人才队伍建设，并取得了显著成绩。中心共有浙江省劳动模范1名，浙江省创新人才3名医坛新秀培养对象5名，市级医学专家5名，市拔尖人才1人，青年拔尖人才1人，市115人才工程第二层次人才4名第三层次人才6名，市卫健系统258人才工程凤凰医学学者1名、雄鹰医学英才3名、雏鹰医学新锐2名。
中心领导高度重视预防医学生实习带教工作，已开展带教工作20余年。建有毛江森院士专家工作站、病原微生物生物安全国家重点实验室自然疫源性疾病研究联合实验室(衢州基地)和市医学重点建设学科2个，是温州医科大学、浙江中医药大学、杭州医学院、江西医高专等高等院校教学基地；浙江省现场流行病学培训项目实习基地、浙江省全科医生规范化培训基地及浙江省疾控中心疫苗临床研究衢州基地；2019年新挂牌浙江大学公共卫生学院实践教育协同体，浙皖闽赣四省边际四市公共卫生联盟。
2．带教师资情况
衢州市疾控中心共有中级及以上带教老师53名，涵盖3个职能科室和14个业务科室，现有的公卫医师经验丰富、素质较高，日常工作是肩负起为辖区内的居民提供健康指导与疾病预防工作，能够担负起指导学生的工作。