南通大学附属医院始建于1911年，由爱国企业家的典范、民族企业家的楷模、民营企业家的先贤张謇先生携其兄张詧创建。2004年南通大学组建成立后更名为南通大学附属医院。医院现为江苏省属综合性教学医院、省级综合类医疗中心、江苏省研究型医院、江苏省高水平重点建设医院、综合性大学直属附属医院，是具有区域影响力的长三角北翼和沿海经济带高水平医疗服务高地。1994年首批获评为三级甲等综合性医院，1998年被确定为国际紧急救援中心网络医院。近年来，医院党委先后获评江苏省先进基层党组织、南通市先进基层党组织、江苏省卫生系统先进基层党组织、江苏省教育系统先进基层党组织等。医院先后获全国文明单位、全国改善医疗服务示范医院奖、全国节约型公共机构示范单位、全国模范职工之家，全国五四红旗团委等荣誉称号。
医院西院区（老院区）占地面积146亩，建筑面积23.8万平方米；东院区（新院区）占地面积281亩，建筑面积56.6万平方米，于2024年5月投入使用，两院区共开放床位3300余张。2024年总诊疗人次308.33万，出院人次18.06万，住院手术台次9.04万，三四级手术占比82.61%，四级手术率39.03%，平均住院日6.05天。现有职工4592名，高级职称915人（其中正高级职称373人、副高级职称542人），中国工程院院士2人，享受国务院特殊津贴专家22人。博士生导师51人、硕士生导师398人。