三五九医院（原为解放军第359医院）组建于1966年，前身为江苏省军区中心医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的三级乙等综合医院。医院始终坚持姓军为兵、服务百姓的使命宗旨，多次出色完成抗震救灾、抗洪抢险、抗击新冠疫情、援外医疗等重大任务，以“救死扶伤、甘于奉献、服务周到”的精神和业绩，深受部队官兵和人民群众赞誉。
医院开放床位500张，分设20个科室，拥有全军专科中心1个、军区专科中心2个、镇江市重点学科3个，年门急诊约20万人次。医院现有医务人员380名，其中高中级职称185名，有9名专家担任全国、全军和原南京军区专业学术组织领导职务。医院骨科是“全军肢体伤残治疗中心”，在重症儿麻矫治、关节置换、创伤救治、断指（肢）再植、支具制作等方面有着较高的知名度。尤其是在重症儿麻矫治方面特色明显，在国际上首创了“腹外斜肌远隔移位对下肢重度麻痹功能重建”等3项手术方法，中国残联原主席邓朴方在视察医院时专门题词“矫形创业绩，助残遍神州”。医院口腔科为“原南京军区口腔医学中心”和“全军牙病防治指导中心”，拥有高档综合治疗椅位30张，口腔CT机、全景X线机、多媒体牙片成像系统、NSK种植牙机、口腔麻醉仪、根管内窥镜等先进设备，床位20张，在种植牙、颌面部创伤、老年牙病诊治与修复正畸方面优势明显。肿瘤科开展肿瘤微创治疗、生物治疗和放射治疗等新技术，医院伽马刀为镇江市一台头体一体伽马刀。
建院以来，医院获国家和军队各类成果奖83项、国家专利18项，3次被国家民政部、卫生部、全国残联等表彰为“残疾人康复工作先进单位”，被原总后勤部表彰为“为部队服务先进医院”。
三五九医院于2022年8月交由中国融通集团运营管理，目的是全面提升医院医疗能力，更好地为军人、军人家属、军队相关人员以及驻地群众服务。中国融通集团将在资金、人才、设备等方面加大投入，引入现代公立医院管理体制，把三五九医院打造成医德高尚、医术精湛、服务一流的现代化军民融合医院。