康复医学科是南京同仁医院重点学科之一，该学科人才队伍健全、技术实力雄厚、仪器设备先进、服务质量上乘。科室团队主要由以秦洪云主任为首的高素质、临床经验丰富的医师队伍以及香港与内地著名院校毕业的具有较强治疗技术与临床工作经验的康复治疗师队伍组成，团队合作充满朝气与活力，服务理念先进，医患关系良好。康复医学科计划开设床位300张，治疗大厅面积600平米，具有先进齐全的现代化康复评估和治疗设备。主要包括神经系统疾病康复（中风、脑外伤、脊髓损伤、周围神经损伤和小儿脑瘫等）和骨骼、肌肉系统疾病康复（颈椎病、腰椎病、腰肌劳损、肩周炎、关节炎、髋膝关节置换术后、运动损伤等）及常见慢性病、老年病康复（高血压、糖尿病等），并取得令人满意的疗效。科室总体达到综合性三级甲等医院的康复治疗的水平与标准。