北京中科西苑医院设内科、外科、妇科、中医儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、脑瘫科、皮肤科、肿瘤科、中西医结合科、肛肠科、康复科等，并与北京数所权威医疗机构重点科室建立了深度合作关系，同时聘请数名三甲医院权威专家，以精湛的技术为患者提供规范、专业的诊断与治疗。
医院拥有多种医疗先进设备，如CRP、波姆光、红光治疗仪、等离子治疗仪、高频电刀、四维彩超、心电图、全自动血球分析仪、半导体激光治疗仪、高频射频电刀、体外冲击波碎石机、数字式医用诊断X射线机、微波治疗仪、肛肠综合治疗仪、尿液分析仪、EX-308nm准分子激光治疗仪、311窄谱紫外光治疗仪、755nm紫翠宝石激光治疗仪、MORA-Super过敏原检测治疗仪等先进的医疗设备。