南航上海分公司现有员工1600余人，已成为南航在长三角地区航空客货运输的重要枢纽。南航早在1993年成立中国南方航空（集团）上海航空服务公司，1997年即成立上海营业部，并于2007年发展为南航上海基地，开展了机务维修、客货销售、货机保障、地面服务、运行保障等业务。目前南航在上海已开通广州、北京、深圳、大连、沈阳、乌鲁木齐、长春、郑州、长沙、三亚、贵阳等37条国内航线，上海至名古屋、首尔、台北等多条国际、地区航线，以及上海至阿姆斯特丹、芝加哥、法兰克福、洛杉矶等7条全货机航线。南航目前在上海每天运营超过180个航班，往来于国内外36个通航点，日均投入座位数约32000座。2014年上海分公司共保障进出港航班约60000班，进出港旅客超过800万人次，在上海航空枢纽建设中发挥了积极作用。